Mesmo com a derrocada no final de 2008, o saldo foi considerado positivo com a conquista do Paulista e o Palmeiras começou o ano com moral – ainda mais depois do anúncio da contratação de Keirrison, revelação do Coritiba que tinha um faro de gol muito apurado.

Sob o comando de Vanderlei Luxemburgo, o time iniciou as disputas do Paulista e da Libertadores a todo vapor: foram nove vitórias seguidas até o primeiro tropeço, contra a LDU, em Quito. A fase de classificação do estadual transcorreu sem problemas; Keirrison não parava de marcar gols e o time fechou o turno na liderança.

Na Libertadores, no entanto, o time passava por apuros, após duas derrotas. A recuperação começou com um grande jogo na Ilha do Retiro, contra o Sport, quando Diego Souza fez uma partida irrepreensível e liderou o time na vitória por 2 a 0.

Com todas as energias viradas para o torneio continental, o Palmeiras vacilou nas semifinais do campeonato paulista e foi eliminado pelo Santos – no jogo da volta, Diego Souza acabou expulso após cair na provocação do zagueiro Domingos, que entrou em campo só para provocar o tumulto – o pau quebrou e o visitante conseguiu segurar o placar favorável.

O Palmeiras seguia vivo na Libertadores e chegou à última rodada em Santiago precisando devolver ao Colo-Colo a derrota sofrida no Palestra, e conseguiu com um golaço histórico de Cleiton Xavier aos 43 do segundo tempo. A chave apontou ironicamente para um novo confronto contra o Sport, pelas oitavas-de-final. Depois de resultados iguais – duas vitórias pelo placar mínimo para os mandantes – a decisão foi para os pênaltis, e Marcos brilhou na Ilha do Retiro, defendendo três cobranças.

O Brasileirão já havia começado, mas o Palmeiras só pensava na Libertadores. O confronto nas quartas-de-final foi contra o Nacional-URU e o Verdão jogou mal no confronto de ida, em casa, empatando por 1 a 1. No jogo da volta, um novo empate, por 0 a 0, determinou a eliminação do Verdão pelo critério dos gols qualificados. A postura apática em campo e a indiferença de Keirrison ao resultado, nos vestiários, deflagrou uma crise que culminou com sua venda e a demissão de Vanderlei Luxemburgo.

O Palmeiras estava em terceiro lugar no Brasileiro, a três pontos do líder, após a sexta rodada quando Jorginho Cantinflas assumiu o comando do time interinamente. Ele entregou o time para Muricy Ramalho na co-liderança ao lado do Atlético-MG, após vencer um Derby em Presidente Prudente por 3 a 0, com três gols de Obina. A campanha de Jorginho à frente do time foi de seis jogos, com cinco vitórias e uma derrota.

O presidente Belluzzo, num ato de reconhecimento ao elenco, subiu o salário de boa parte dos jogadores para segurá-los no clube, confiando na capacidade do conjunto em conquistar o Brasileirão. O atacante Vágner Love, depois de algumas temporadas na Rússia, foi repatriado.

Muricy assumiu o time e o manteve na liderança, abrindo frente. Já recuperado da decepção na Libertadores, o Palmeiras era o ponteiro do campeonato após uma bela vitória por 3 a 1 sobre o Santos na Vila Belmiro, na rodada 28, com cinco pontos de vantagem sobre o SPFC e doze sobre o Flamengo, que estava em sexto lugar.

Uma sequência inacreditável de problemas se abateu sobre o time. Um tropeço em casa contra o Avaí (2 a 2) rendeu quatro suspensões e o time foi mal no jogo seguinte, contra o Náutico, no Recife (3 a 0). Abalado, o time recebeu o Flamengo no Palestra e Petkovic, em atuação de gala, liderou o time carioca a uma vitória (0 a 2).

A vantagem virou pó. Na rodada 31, o Verdão ainda liderava, mas a diferença para o quinto colocado era de apenas 3 pontos. A partida seguinte seria contra o Santo André e tudo indicava que o Verdão retomaria o caminho das vitórias e do título. Mas uma lesão de Cleiton Xavier em momento chave da partida rendeu um gol ao time do ABC, que se aproveitou do nervosismo palmeirense e venceu a partida (2 a 0).

O time já havia perdido Pierre por lesão, e sem Cleiton Xavier, a consistência do meio-campo ficou seriamente prejudicada. Mesmo assim, uma vitória sobre o Goiás (4 a 0) parecia indicar que o time havia voltado aos trilhos. Só parecia.

Depois de empatar um Derby na rodada 33, o time foi ao Rio de Janeiro tentar sustentar a liderança contra o Fluminense, muito ameaçado pelo rebaixamento. O Verdão abriu o marcador com Obina, mas o árbitro Carlos Simon anulou o gol alegando um empurrão absolutamente inexistente. O time carioca venceu o jogo com um gol de Fred e o episódio abalou intensamente o elenco para as quatro rodadas finais.

O Palmeiras ficou no empate (2 a 2) contra o Sport, em casa, e foi a Porto Alegre enfrentar o Grêmio precisando vencer para continuar na briga. Uma falha coletiva no fim do primeiro tempo rendeu um gol aos gaúchos; na saída para o intervalo, Obina e Maurício discutiram de forma áspera, acabaram chegando às vias de fato e foram expulsos, deixando o time com dois a menos. No final, 2 a 0 para o Grêmio.

Nem a vitória sobre o Atlético, na penúltima rodada, com um golaço do meio do campo de Diego Souza, foi suficiente para recolocar o Palmeiras na luta pelo título, mesmo com vários concorrentes entregando pontos bobos pelo caminho. Na última rodada, o Botafogo venceu um desanimado Palmeiras, que ficou de fora até da disputa da Libertadores do ano seguinte, fechando o ano em quinto lugar. O trauma da perda deste título teria consequências graves nos anos seguintes.